Mejor Concejal de Bogotá en el segundo semestre de 2005, según el proyecto Concejo Cómo Vamos de la Casa Editorial El Tiempo (CEET), la Fundación Corona y la Cámara de Comercio de Bogotá.
Mejor Concejal de Bogotá en el primer semestre de 2006 según el proyecto Concejo Cómo Vamos.
Mejor Concejal de Bogotá en el segundo semestre de 2006 según el proyecto Concejo Cómo Vamos.
A finales de 2006 sus colegas concejales lo eligieron como uno de los tres mejores concejales.
Al finalizar 2006 los periodistas (de los diferentes medios) que cubren la sección ‘Bogotá’, lo ubicaron entre los tres mejores concejales.
Mejor Concejal de Bogotá en el primer semestre de 2007, según el proyecto Concejo Cómo Vamos.
Mejor Bancada del Concejo de Bogotá en el 2009, junto con el Concejal Humberto Quijano, según el proyecto Concejo Cómo Vamos.
Reconocimiento al Senador Baena, en 2011, por parte del Concejo de Bogotá, como uno de los líderes más destacados que han integrado el Cabildo Capitalino, en donde dejó un mensaje a las futuras generaciones, a promover un ejercicio político transparente y de servicio a la comunidad.
En mayo de 2012, siendo Senador de la República, fue declarado ciudadano de honor de Quibdó para el Mundo, por la alcaldesa de la capital chocoana, Zulia Mena, durante un acto celebrado en la Universidad Tecnológica del Chocó, como reconocimiento a su ardua labor en beneficio de la población afrocolombiana.
El Senador Baena también fue condecorado por la Comunidad de Engativá, como reconocimiento a su defensa de los derechos de los barrios afectados por la valorización y la remodelación del Aeropuerto Internacional El Dorado.
En octubre de 2012 recibió el «Reconocimiento al Mérito Manuel Zapata Olivellla» por la Alcaldía Mayor de Cartagena de Indias, por haber «gestado trascendentales iniciativas sociales, educativas y culturales, en favor de la población afrocolombiana, palenquera y raizal».
El Ex Senador Baena ha sido distinguido entre los diez mejores congresistas del país, por encuestas adelantadas por la Organización Cifras y Conceptos.
El 12 de mayo de 2016, durante el lanzamiento del Decenio Afro realizado por la Presidenta de la Bancada Afro del Congreso de la República, Guillermina Bravo Montaño, en asocio con el Instituto Nacional Demócrata, el Presidente de MIRA fue condecorado por su labor política y social, a favor de la población afrodescendiente.
El 17 de agosto de 2017, la Alcaldía de Manizales condecoró al Presidente de MIRA con Escudo de Manizales, grado “Gran Escudo”, por su defensa de la Libertad Religiosa.